小儿支原体肺炎可以自愈。支原体肺炎发生率并不高，通常在15%左右，主要见于年长儿，目前婴幼儿也有发生，但相对较少。经过大环内酯类抗生素治疗7天仍未好转可称为难治性支原体肺炎。大部分难治性支原体肺炎具有强烈炎症反应或合并其它细菌感染，但经过治疗也可治愈。

目前在亚太地区，大环内酯类抗菌药物对80%以上支原体耐药，但实际临床工作当中，并未发现过多耐药情况。支原体肺炎为自限性疾病，当检查到支原体抗体浓度升高情况时，提示支原体感染，但身体已免疫启动，支原体感染会逐渐好转，因此无需反复、长期应用抗支原体药物进行治疗。