咽喉存在囊肿可能无需进行手术，因为咽喉囊肿较小时，如扁桃体、会厌、喉部或下咽部较小的囊肿通常不会导致临床症状的出现，通常在例行检查咽喉时发现，只需观察即可。但随着时间推移，部分囊肿会逐渐长大。
扁桃体的囊肿长大后会引起咽部的异物感，甚至在吞咽时都会出现感觉，此时可以行扁桃体的囊肿切除，甚至可以将一侧的扁桃体切除。会厌囊肿较小时无需进行处理，但逐渐长大后会造成喉部异物感，甚至出现吞咽障碍，更严重可能会导致呼吸困难。出现上述情况后，需全麻并在支撑喉镜下将囊肿完全切除。对于下咽部的囊肿，若长大会影响发声或吞咽，也需进行手术治疗。
