右肾囊肿一般不会引起腰痛。如果囊肿比较大，或者囊内有出血、感染，也可以引起腰痛。囊肿是膨大的肾小管憩室释构成，随着囊液不断分泌，囊肿会逐渐增大。在增大过程中，可能会影响肾脏形态。
肾脏是内脏器官，感受不到局部疼痛。只有肾脏瓣膜受到牵拉或者肾盂受到累及时，病人才会感觉到肾区不舒服或疼痛。
囊肿不大时，对肾脏基本上没有太多牵扯，这时不会有疼痛。随着囊肿不断增大，牵拉肾脏包膜，病人会感觉到疼痛不适。另外当囊肿压迫肾盂时，也会有不舒服的感觉。
如果囊肿生长过快，囊内可能会有出血、感染、钙化结石等，病人会感觉到腰部不舒服或腰痛，而且这种腰痛往往不是锐痛，以钝痛为主。病人会感觉到腰部胀痛，甚至感觉到腰酸、腰胀、腰麻等。
