无痛胃肠镜使用全麻，基本以静脉不插管的全麻为主，普通胃肠镜就是局麻。如果是手术，对疼痛感觉需求不高，主要是病人对胃肠镜感到不适，可使用镇静药，甚至可使用镇痛药，但主要以镇静药，如异丙酚或依托咪酯为主，保证病人在手术过程中，有较好的自主呼吸和供氧条件。

这段时间内病人基本没有胃肠部操作不适感，胀痛主要是肠镜打气后引起，与胃镜经过口咽部再进入贲门，进行胃肠部观察造成的刺激均无感觉，故这些部位操作就需使用镇静药，确保病人舒适度良好。