房颤是两个心房发生颤动，丧失了有效收缩，因此房颤的机械收缩功能实际上在发生房颤时丧失，机械收缩功能丧失以后，心房里面的血流呈现湍流、杂乱无序的流动状态，此时心房内容易形成凝血块，常常最容易形成的部位在左心房里面左心耳的部位。
当凝血块形成后，容易在一定的时间脱落，随着血流容易栓塞到外周脏器，栓塞到脑子会引起脑的血栓栓塞，栓塞到外周动脉会引起外周动脉的血栓栓塞，引起下肢或者上肢的供血、供氧的不足，还有的会栓塞到肠系膜，引起肠系膜的栓塞，引起肠子的缺血甚至坏死。
房颤发生时有严重的血栓栓塞风险，因此临床上会对房颤患者进行血栓栓塞风险评分，对于评分比较高的患者，血栓栓塞危险评分≥2分，一般建议患者吃抗凝药来预防血栓栓塞风险。另外，房颤发生时心跳比较快，会用药物来控制房颤患者快速的心率，还会用药物尽量让房颤变为正常窦性心律。
