艾滋病后期的症状主要是指艾滋病晚期，艾滋病晚期已经出现免疫缺陷的表现，也就是病毒载量较高，CD4细胞水平较低，这就是免疫缺陷阶段。免疫缺陷阶段就容易出现机会性感染。对正常人群不致病的病原体，如肺孢子菌、结核杆菌、巨细胞病毒，其对正常人可能没有致病性，可以与病原体处于平衡状态，而不出现症状。
在免疫缺陷人群也就是艾滋病晚期，就会出现相关的器官损伤，比如肺孢子菌肺炎，可以有咳嗽、呼吸喘憋，甚至呼吸衰竭，比如隐球菌引起的脑炎会有发热和剧烈头痛。还有弓形虫脑病，弓形虫脑病表现出肢体瘫痪，一侧肢体偏瘫，做CT会看到颅内会有占位性病变。还有巨细胞病毒，巨细胞病毒在正常人可能不引起症状，但是在艾滋病晚期人群就会出现视网膜炎、肠炎、肺炎等，以及艾滋病晚期可以合并淋巴瘤、卡波西肉瘤等恶性肿瘤，这些在免疫力正常的人可能都不会出现，但是在艾滋病晚期的患者就可出现。