腰椎间盘脱出手术的后遗症可腰部疼痛、腰部僵硬，特别是术后遇到天气变化，即遇到寒冷的时候，腰部可能会出现不适的症状，但是这些问题可以通过手术后的腰背肌训练以及物理治疗，以最大限度地减少问题的发生。

如果在腰椎间盘手术中损伤到神经根、马尾神经、硬膜囊，就有可能导致永久，或者短期的神经功能障碍，包括疼痛、麻木、无力，甚至大小便功能障碍等。

另外，如果在腰椎间盘手术的同时应用了内固定，内固定本身也可能有一些并发症，比如内固定断裂、内固定松动，或者椎间关节融合不好等，都会出现相应的临床表现。