目前复发性口腔溃疡的病因及致病机制仍不明确，存在明显的个体差异。
有人提出本病发病的遗传、环境和免疫三联因素论，即遗传背景上加上适当的环境因素，其中包括精神神经体质、心理行为状态，生活、工作和社会环境等，引发异常的免疫反应，而出现特征性的病损。
也有人提出二联因素论，即外源性感染因素，包括病毒和细菌和内源性诱导因素包括激素的变化、精神心理因素、营养缺乏、系统性疾病及免疫功能紊乱相互作用而致病。
总之，口腔溃疡的发生是多因素综合作用的结果，其中包括营养不良、维生素缺乏等。有研究表明，维生素B1、B2、B6、B12以及叶酸等摄入不足，或血清中缺乏锌、铁等微量元素，均与复发性口腔溃疡的发生有一定的相关性。
所以在临床治疗上配合服用维生素可以起到辅助治疗目的。
