理论上根尖脓肿不可能自愈，当形成根尖脓肿时根尖周组织的炎症刺激物的数量已经足够大，持续时间也足够长。通过根尖孔或侧副根管孔侵害根尖周组织，引发局部免疫反应，导致根尖周组织的不可自我修复的破坏，这时如果不通过外在的治疗手段进行干预，炎症范围可能进一步扩大会引起更加严重的疾病，如蜂窝织炎、间隙感染、上颌牙的根尖脓肿，还有可能突破上颌窦窦底黏膜引发上颌窦炎等。根尖周脓肿的治疗主要采取根管治疗术，但是在行根管治疗术后也不能安静的看待问题，认为根尖周脓肿就一定治愈了，需要在根管治疗术后一个月、三个月、六个月、一年、两年的时间定期拍摄X光片，与之前初诊时的X光片进行对照，看根尖炎症是否有吸收。如果两年之后的观察期过了根尖的病变并没有缩小，这时就需要采取根尖手术等外科治疗方法。
