益生菌是人肠道内存在的一组对人身体有益的细菌，所以益生菌对人身体没有危害，它是一种安全的补充品，无论是作为药物还是食物当中的添加物来进行摄入，对人体目前都没有发现有害的因素。
益生菌在临床上通常用于治疗一些各种原因导致的菌群失调，比如患者长时间应用广谱抗生素，这样会导致肠道内菌群失调，严重的可以导致腹泻，甚至是下消化道出血，比如难辨梭状芽孢杆菌引起的伪膜性肠炎。另外，益生菌对于功能性消化不良、功能性便秘、各种原因引起的腹泻都有辅助治疗作用。益生菌还有一些目前尚不十分明确的作用，但是目前了解的作用是益生菌对人体有益，目前没有发现益生菌对人身体有害的证据。
