目前小儿自闭症还没有根治的办法，但合理的个性化的综合干预可明显改善疾病的症状和预告。治疗主要以行为与教育干预为主，目前没有特效药物，主要采取以下方式：

1、综合干预模式：以儿童发育进程为依据，针对儿童早期的各项发育技能，如语言、游戏、社会交往、注意力、模仿、运动技能、生活自理和适应性行为进行教育训练，提高儿童的言语能力、社会适应能力以及儿童的认知能力；

2、促进人际关系为基础的干预：评估患儿的人际关系发展水平，根据评估结果，依据正常儿童人际发育的规律，进行目光接触、社会参照、互动、协调、情感经验分享、享受亲情、友情等训练；

3、行为训练：主要针对患儿不适当的行为，将目标任务按照一定的方式和顺序，分解成较小的步骤，采用适当的强化方法，按照任务分解的顺序，逐一训练每一小步骤，直到儿童掌握所有步骤。

4、社会技能训练：办法主要是针对患儿社交能力差的特点，训练基本的社会交往技能，如打电话、买东西、乘车、社交礼仪、人际交往等；

5、音乐治疗：在优美舒缓的音乐背景中为患儿提供全面而多样的感官刺激，可以调整患儿的感官感觉，发掘其学习潜能，提高其言语及沟通技能；

6、游戏疗法：以游戏为媒介，在游戏中缓解患儿情绪上的不安和恐惧，学会与其他人进行沟通和合作，以促进发展人际关系技能；

7、对患儿的父母进行课程培训以及治疗过程咨询，因为父母对患儿的交流能力、社会交往和适应能力的提高起着非常大的作用；

8、新型的非典型抗精神病药物利培酮、阿立哌唑，可以显著改善患儿的行为问题，而且这些药物具有良好的耐受性，作用于中枢神经递质5-羟色胺和多巴胺系统。传统药物有氟哌啶醇，使用时应该要注意药物副反应。如果存在情绪问题也可以使用缓解情绪的药物。目前用于临床为选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，主要包括氟西汀、氟伏沙明、西酞普兰、舍曲林和帕罗西汀等作为一种辅助的治疗模式。