牙周脓肿是细菌感染引起的，正常人牙齿没有深牙周袋，即探诊深度，探到1-3mm，东西就会自行出来，发炎也不会形成脓肿。
但如果是深牙周袋，中重度牙周炎，会有深牙周袋，细菌大量繁殖以后，化脓性炎症出不来，就在牙龈上形成脓肿，叫牙周脓肿。
如果在洁治和刮治的时，将牙结石的碎片和细菌推入牙周袋深部，有可能会损伤牙周组织，形成脓肿，这是医源性的。深牙周袋的刮治，如果不彻底，牙周袋的炎症仍然存在，没有得到彻底的引流，也容易产生牙周脓肿。
平常身体抵抗能力较好，不发生牙周脓肿，当身体的抵抗能力下降，或者患有全身疾病时，比如糖尿病，毒力比较强的致病微生物在牙周袋内大量繁殖，就会形成牙周脓肿。牙周脓肿是牙周病比较严重的一个表现，要积极的治疗牙周病，预防牙周脓肿。
