男性尿道感染的常用的药物就是抗生素。因为尿道的感染归根结底还是常见的致病菌，比如大肠杆菌入侵进入尿道所致，所以常用的药物比如左氧氟沙星类喹诺酮类的抗生素，或者是头孢类抗生素如头孢克洛，再一类就是磷镁素。
一般上述三大类的抗生素都可以使用，因为药物覆盖的菌谱大部分都可以覆盖，绝大多数的尿道感染的细菌。治疗的疗程一般是7-10天，在用药7-10天之后，一定要再次复查尿常规，直到尿常规中白细胞转阴，治疗才算终止。
如果患者同时合并尿频、尿急、尿痛等症状比较重，也可以再服用让男性的前列腺不充血、水肿减轻，或者膀胱尿道黏膜充血、水肿减轻的中成药，比如三金片、癃清片等，都可以让患者的症状有较快的改善。在治疗的同时，一定要嘱患者多饮水，可以有效冲刷尿道，这样好得会更快。
