甲状腺功能减退症的病因，主要是由于甲状腺激素的合成和分泌减少或者组织作用减弱导致的全身代谢减低综合征。它的发生与遗传、环境、疾病、药物等有关。不同类型的甲状腺功能减退，其发病原因也是不相同的，具体有如下：

1、先天性甲减：甲减发育是先天异常的，可能与甲状腺完全的缺如，或者在胚胎时期甲状腺未适当的下降所造成；

2、暂时性甲减：这种疾病常发生在患有亚急性甲状腺炎、无痛性甲状腺炎或者产后甲状腺炎的患者，暂时性甲减的患者是可以被治愈的；

3、损耗性甲减：是由于肿瘤等原因所引起的；

4、中枢性甲减：是由于下丘脑与垂体的疾病引起TSH减少所导致；

5、甲状腺激素抵抗：多为家族遗传性的疾病比较少见；

6、碘缺乏或是碘过量：这两个极端都可以导致甲状腺功能减退；

7、服用可以阻断甲状腺激素合成或者释放的药物，也可以引起甲状腺功能减退，如含锂的药物。