肛瘘的治疗方法有药物治疗和手术治疗两种，药物治疗只能暂时的缓解症状，最后还是需要通过手术治疗来得到根治的效果，手术的原则是将瘘管彻底的切除或者是切开，形成敞开的创面促进愈合。主要的手术方式有：

1、瘘管切除术：一般用于低位肛瘘，术后的效果比较好，极少会复发；

2、挂线治疗：一般适用于距离肛门3-5cm甚至更远的，有内口和外口的低位或者是高位的单纯性肛瘘，或者作为复杂性肛瘘的切开、切除的辅助性治疗使用。它最大的优点是不会造成严重的肛门失禁，同时具有操作简单、出血少、换药痛苦小的优点。还有部分复杂性肛瘘的手术治疗，相对比较复杂，要在治疗前充分慎重的评估手术后的肛门功能，以及复发几率，减少术后肛门失禁的可能性。肛瘘一般极少自愈，不治疗可以反复发作，直肠、肛管周围的脓肿甚至会癌变。所以一旦诊断为肛瘘就要及时就医，积极治疗，避免延误病情。