肛瘘的治疗原则是尽早手术，因为是炎症性疾病，手术尽量建议采取腰麻，只有良好的麻醉才能够暴露要处理的内口，顺利找到肛瘘的内口后将一些瘘管壁的炎性组织处理干净。肛瘘手术的复杂在于有没有跨过括约肌，一旦经过整个瘘管的病灶跨过括约肌，就要尽量采用挂线的方法来保留括约肌，以保护肛门的功能。一张凳子最少要有三个腿，三个腿缺一不可，因此肛瘘手术的三个要素也缺一不可，具体为：

1、手术过程当中要处理内口；

2、整个术后的恢复过程当中，局部创面的干净非常必要，因此强调患者个人的局部护理，尽量要让伤口24小时保证干净，才能够有一个良好的愈合环境；

3、整个愈合过程中，保证创面能够齐头并进的达到整体愈合的过程，如果出现有的地方长的快，有的地方长的慢，就容易出现愈合不良，因此建议要定期回医院进行随访，请主刀手术的医生进行处理。