生育年龄的女性若患卵巢巧克力囊肿，绝大部分女性在不干预的情况下，卵巢巧克力囊肿不会缩小，因为卵巢囊肿是子宫内膜异位症的临床表现。但若女性进行干预或进入绝经期，巧克力囊肿可能缩小，具体如下：
1、卵巢巧克力囊肿可能不会缩小：在卵巢周期性分泌雌激素和孕激素的刺激下，子宫内膜发生周期性变化，从而引起子宫内膜脱落，导致出血、来月经；而异位在卵巢局部的少量子宫内膜也会发生周期性变化，也会出现出血的现象。因此，巧克力囊肿只会逐渐增大，不会缩小；
2、卵巢巧克力囊肿可能会缩小：若女性在临床用药的基础上，比如肌肉注射盐酸曲普瑞林，可使子宫内膜萎缩，不再来月经。此时局部的巧克力囊肿不再增大，也有可能会在原来的基础上有所缩小。此外，若女性病人已经进入绝经期，此时卵巢功能衰退，不再分泌雌激素和孕激素。女性的子宫内膜不会发生变化，巧克力囊肿内的异位子宫内膜也不再发生周期性变化、不再出血。有一部分组织会被机化、吸收，此时卵巢巧克力囊肿可能会缩小。
