甲状腺小囊肿通常可以自愈，常见较小的囊性囊肿多数是甲状腺胶质囊肿，囊肿内分泌胶质样东西。甲状腺是人体的内分泌器官，甲状腺分泌甲状腺素，如果甲状腺素分泌过程中入血出现障碍，导致甲状腺素淤滞在甲状腺内，可形成淤滞性囊肿。甲状腺素液体水分逐渐被吸收，导致形成囊液内呈胶冻样东西，称为胶质囊肿。

胶质囊肿的成分基本上都是浓缩的甲状腺素，如果排泄功能恢复，胶质囊肿可慢慢吸收变小。另一部分甲状腺小囊肿，为结节性甲状腺肿的形成，导致局部小结节坏死液化，可消失甚至自愈，所以甲状腺小囊肿有自愈可能，一般不需要处理。基本上属于良性疾病，也不会引起病人不适，以观察治疗为主即可。