牙周炎治疗过程是一个系列的治疗,主要分为四个阶段。第一阶段基础治疗即非手术治疗，第二阶段是牙周手术治疗，第三阶段是修复治疗，通常是在手术治疗后2-3个月进行，第四阶段是牙周维护治疗阶段。
其中第一阶段与第四阶段是每个牙周炎患者都要经历的。第一阶段包括的内容，首先教育并指导患者自我菌斑的控制方法，如教他们怎样的刷牙、怎样使用牙线、怎样使用牙缝刷等。医生需要对患者进行洁治术、根面平整术及龈下刮治术，以消除龈上及龈下菌斑、牙石。
在消除菌斑滞留因素及其它局部刺激因素后，炎症控制后建立必要的咬合调整，建立平衡的咬合关系。必要时可做暂时性松牙固定，同期拔除无法保留的患牙，同时也可以药物辅助治疗。经过基础治疗后6-8周，要进行再评估，评估后看是否进入第四阶段维护期的治疗。
