肛周脓肿是急性疾病，临床表现是肛旁红、肿、热、痛，有些局部症状轻，有些是全身症状重，根据局部症状跟全身症状，判定轻重缓急。低位脓肿，一般发病部位在体表，表现红肿热痛的症状会较明显；如果是深部脓肿，表现出的体表症状，比如红、肿、痛症状，没有低位脓肿明显，会表现发烧，甚至高烧达到39℃以上，包括寒战等一系列全身表现。通过血常规，白细胞高达10000/μl以上，提示感染已经存在，有些早期时没有任何症状，只有肿胀感，通过直肠指检，在肛门直肠周围可摸到包块、隆起、局部有压痛，这时可通过影像学检查，比如CT或者MRI，来看整个肛门直肠周围有局限性包块，如果看到有液性暗区，就提示是深部脓肿。深部脓肿是较重的感染范围，如果没有及时处理，会向更深部、更广的范围扩散；体表脓肿、低位脓肿可通过自己破溃流脓，所以程度相对轻些。
