甲状腺手术的缺点，任何手术都是创伤，所以任何手术都可能带来并发症，产生的并发症都是缺点。甲状腺手术最常见的并发症，一个是出血引起的窒息，是手术后最常见也是最凶险的并发症。另外就是甲状腺的喉返神经的损伤以及喉上神经的损伤，以及甲状旁腺的损伤。甲状旁腺损伤以后患者就会手足抽搐、缺钙；喉返神经损伤，声音嘶哑；喉上神经损伤，喝水会呛咳，都是任何甲状腺手术创伤带来的并发症。手术中会特别注意，防止并发症的发生。同时甲状腺手术以后可能有时候会引起甲状腺功能的低下，手术以后可能要终身服甲状腺素片来替代激素的治疗。
