卵巢巧克力囊肿是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，可能会导致CA12-5轻度增高，但并不是所有卵巢巧克力囊肿的病人，都会有CA12-5升高。所以CA12-5升高，不是诊断卵巢巧克力囊肿的唯一标准。
当每个月女性来月经，此时子宫内膜脱落引起出血，种植在卵巢局部的子宫内膜碎片会出血。随着时间推移，可在局部形成囊肿。此类囊肿切开后，其内容物类似巧克力酱，因此称为卵巢巧克力囊肿。
当病人有卵巢巧克力囊肿时，做CA12-5化验检查通常会出现轻度升高，但不是明显升高。所以怀疑有卵巢巧克力囊肿的病人，可抽血做该项检查。
此外，在临床上卵巢巧克力囊肿的诊断需结合病史、临床症状、B超检查，进行综合性分析才可得出初步诊断。若卵巢巧克力囊肿＜4公分可动态观察、口服药物；而卵巢巧克力囊肿＞4公分，可考虑手术治疗。
