甲状腺疾病从功能上可以分为甲状腺功能亢进和甲状腺功能低下，治疗甲亢的常用药物是甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶。治疗甲状腺功能低下的常用药物是左甲状腺素钠或甲状腺素片，现在更常用左甲状腺素钠片。

甲状腺疾病还包括常见的甲状腺结节，如果甲状腺结节是恶性的，首选手术来进行切除。如果是良性的结节且没有压迫症状，甲状腺功能正常，一般是定期复查B超和甲状腺功能，进行随诊，不需要药物治疗。