一般要求做超声内镜的介质，如水要清水，不能浑水。所以要求一定要充分禁食，不能喝牛奶等，要充分禁食至少12个小时。对于有病变，如有梗阻，考虑幽门长肿瘤引起梗阻或胃窦部肿瘤引起梗阻，禁食时间还要更长，目的是为了超声内镜有更好的介质，对病灶看得更清楚。所以要充分禁食、禁水，保证胃里面没有什么东西，这是最主要的一个注意事项。超声内镜除了充分禁食、禁水以外，还要注意一定要把相关资料带过去，若其他检查发现其他器官有病灶，CT或磁共振等影像学资料里面，认为肝脏，胃本身，或周围其他器官如胰腺、胆囊、胆总管、乳头等有结石或肿瘤压迫。把相关的材料带齐全，对做超声内镜的医生准确判断有很重要的参考价值。
