纤维支气管镜主要是针对气道的疾病，包括气管、支气管、段支气管以及细支气管的病变，也包括支气管内的病变、支气管外的病变。部分患者可以做活检，还可以取痰标本，进行支气管肺泡灌洗。
肺穿刺是在CT引导下经皮到达病变的肺组织，给予穿刺活检。上述两种操作分别针对气道的病变和肺实质的病变，可以互相补充彼此的不足。肺穿刺主要针对外周性的肺部病变，包括肿瘤和部分小结节，还有弥漫性肺部疾病，肺穿刺主要是对上述病变进行诊断。