牙根发黑的原因及相应处理如下：

1、最常见的原因是龋坏，也就是在牙根颈部或者根部，因为细菌感染造成龋坏，引起颜色变化，通常是由于局部食物残渣堆积，菌斑刺激造成细菌感染，形成龋坏，引起颜色的变化。如果确定是龋坏，建议到口腔医院牙体牙髓科进行龋坏充填治疗；

2、牙齿长期处于黑色素环境的情况下，会进行外源性着色，比如喜欢喝浓茶、咖啡，吸烟或者长期的喝中药，均有可能造成牙齿外源性的颜色变化。这种情况需要去医院进行检查，如果只是简单的外源性色素变化，可以进行全口洁治，去除牙石以及色素。日常生活中食物中的色素，都有可能造成牙齿染色，平时大家要注意刷牙，防止色素沉积，建议每年定期进行口腔检查1-2次，并进行全口洁治1-2次，有效预防牙齿色素沉积，保护牙齿。