萎缩性胃炎临床上没有明显特异性，因为萎缩性胃炎是胃黏膜腺体数目的减少导致胃酸分泌不足，病人常表现为消化不良等症状，如上腹部疼痛、胀满、食欲不振、胃烧心、反酸、打嗝、恶心，甚至呕吐等症状。胃镜下有萎缩性胃炎，伴有糜烂，如果糜烂重侵袭到黏膜下小血管，导致小血管遭到破坏，伴有少量消化道出血。临床表现为黑便，即大便颜色发暗，不是黄色大便，长期少量出血导致缺铁性贫血，这是常见的多灶性萎缩性胃炎表现。自身免疫性胃炎，除上述消化不良以及缺铁性贫血症状外，还表现为恶性贫血、乏力消瘦等全身性症状。