牙齿根部发黑如果是龋坏引起，因为牙根部经常有牙龈覆盖，要把龋坏的牙齿清除掉后进行充填治疗。

另外可能是有牙石覆盖，牙石的覆盖会让牙龈退缩，可以通过洗牙或牙周的龈下刮治来清除。牙根变黑还可能是根管治疗后整个牙体变色，因为牙根面上如果做全冠也不可能覆盖，要通过牙齿内漂白，太深的牙根没有办法改变，如过比较靠近牙根根部可以通过内漂白稍微减轻一下它的染色深度，然后再全冠修复比较好。