对于肾结石，结石体积较大，通常建议患者采用微创手术的方法进行治疗。如果结石的直径在2cm以上，一般建议患者采用手术治疗。常规的手术方式包括经皮肾镜和输尿管镜下的钬激光，或者气压弹道碎石取石术。两种手术方式的总体住院时间，在1周到10天，包括术前检查和术后的恢复期。
一般而言，经皮肾镜手术指从腰部建立脾肾通路，在脾肾通路之中，伸进经皮肾镜。简单而言就是伸进内镜，一直到肾脏里面，直视下看到结石。之后再用钬激光或者气压弹道，把结石彻底粉碎。
之后通过脾肾通路，将粉碎的结石，逐渐地、逐块逐块地吸出。对于输尿管软镜手术而言，指经尿道伸进一个镜子到膀胱里，再经由输尿管，一直到肾盂里面，再经由镜子看到结石之后，采用钬激光的光纤，将结石彻底粉碎。粉碎之后，粉碎碎末随着输尿管逐渐排出，上述也就是手术的两种不同方式。
