永存动脉干作为一种复杂的先天性心脏病，跟其它的先天性心脏病是一样的。预后要从两个方面来考虑，一个是接受过手术病人的预后，还有一个是没有接受过手术，这些病人的预后如何。如果能够在低年龄期早期发现、早期诊断、早期接受手术，病人未来的预后是比较好的。当然有一些病人没有可能或者是没有条件在低年龄期得以诊断，或者是没有条件接受手术，那这些病人一直存在异常的血流动力学，血液循环的方向一直不正常，长期存在肺充血、存在充血性心功能衰竭，这些病人的心肺功能会越来越差。由于有一些病人可能出现了艾森曼格综合征以后他的左向右分流，肺充血的情况随着肺阻力的升高，好像似乎会有一些症状上的改善，但是这些病人随着疾病进入晚期，进入晚期病程的过程中肺阻力越来越高，往往会出现不可逆的包括艾森曼格综合征晚期的这些损害，那这样子，病人的自然寿命肯定是要比正常人群要短。那些接受过手术的病人，如果能够在正确的时机，正确的方案，通过正确的治疗，得到了救治以后，这些病人的自然寿命根据目前的资料来看，往往可以接近正常人。
