患者彻底清理肠道的垃圾，是把粪便以及消化的废物从肠内排出，此时会排出一定菌群、水分和电解质，无法做到彻底清除。结肠镜检查前会使用洗肠的药，比如某些口服的补液盐，通常为聚乙二醇、匹维溴铵、复方匹可硫酸钠等洗肠药，或某些洗肠盐如硫酸镁，进行肠道清洗，能够清空85%的结肠，小肠仍有部分食物残渣及粪便残留。

临床上为保有消化道的正常菌群，包括寄生菌、正常菌属，以及少量条件致病菌，尽量不要破坏肠道菌群内比例。通过洗肠可能会打破肠道正常的菌群比例，使肠道功能出现异常。