大部分的病毒疣均可以根治，需根据不同类型的病毒疣考虑，人类乳头瘤病毒感染所引起的扁平疣、寻常疣、跖疣，其根治的方法，可以采用物理治疗，比如寻常疣，可以通过激光、冷冻的方法治疗，物理治疗后同时可以局部涂抹外用药物，比如抗病毒擦剂，包括其他医院自制的药物，也可以使用具有抗病毒的软膏，比如干扰素的凝胶。
经过治疗大部分病人可以痊愈，部分病人还可以反复的发生，此时可能需要第二次，甚至第三次采用物理治疗的方法。现在临床上有一些疣体，也可以采用光动力的方法治疗，如果是顽固的皮损，扁平疣不主张采用激光治疗，部分区域也会采用激光的方法治疗。我们更多的是采用中医内服的方法，可以采用中药的湿敷，包括使用抗病毒的擦剂，同时可以采用中医的特色方法治疗，比如火针。
因为尖锐湿疣的复发相对较严重，所以治疗相对较复杂，很多病人反复治疗，可能反复复发，此时同样是采用物理治疗的方法，同时局部外涂药物，包括干扰素的凝胶或者是抗病毒的中药擦剂，临床上很多病人可能需要多次的激光治疗，现在还有一种相对比较新的治疗方法，就是光动力的治疗方法，在临床上应用也比较广泛，通常进行2-3次治疗，很多尖锐湿疣都可以根治。
