智力运动发育落后的发病原因比较多，包括：

1、先天性因素：孩子在出生前，在胚胎发育过程中，因为各种方面的因素，包括外界的因素，导致他的基因或者染色体出现异常，甚至有家族相应的遗传性疾病，这些往往都导致他的基因出现突变或者异常的表现。所以这类孩子出生的时候，包括以后成长过程中，可能就会慢慢出现一些智力运动落后的表现。还有代谢性的因素，比如代谢性疾病，包括糖代谢性的障碍、脂肪代谢性的障碍、氨基酸代谢性的障碍，这部分病人往往也会表现出智力运动发育落后；

2、后天性因素：最多见的是孩子在出生时出现窒息或者脑的缺氧，这部分孩子如果不经过很好的处理或者处理不及时，往往会遗留一些脑神经系统的后遗症，以后就会出现智力运动发育落后的情况。还有在发育过程中，比如得了脑炎或者脑外伤等表现的时候，也会造成脑损伤，这种脑损伤如果处理不好或者处理不及时，孩子以后会出现后遗症的表现，往往会表现出智力发育运动落后。