幽门螺杆菌好的治疗方法，目前一般是1个PPI制剂(质子泵抑制剂)，或H2受体阻滞剂+2种抗菌素+1个铋剂，这种方法对幽门螺杆菌感染的清除率在93%以上。
常用的质子泵抑制剂有奥美拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑或者泮托拉唑等，常用的抗菌素有阿莫西林、克拉霉素、呋喃唑酮或者灭滴灵(甲硝唑)等，再加铋剂这种标准的四联治疗，1个疗程为10-14天。除此之外，幽门螺杆菌感染患者，最好注意饮食和生活卫生，避免与他人过多的亲密接触。
使用抗幽门螺杆菌治疗后，部分病人会出现一系列副作用，如食欲不振、恶心、呕吐、腹胀、腹泻、便秘等，以及大便黑色或深灰色的表现。还有部分病人会有全身过敏性反应，如皮炎、瘙痒、皮疹、荨麻疹、潮红等，如果出现以上情况，要及时到医院就诊。大部分病人经治疗后副作用比较轻微，一般都能忍受，但是如果症状非常严重，可考虑更换使用其他药物，或改用三联治疗。
