错颌畸形的病因主要有以下几种：

1、遗传因素：遗传因素有两个方面，一个是种族演化，另一个是双亲遗传。种族的演化在人类进化过程当中，一个是行走的体位，我们的祖先猿人是在地上爬，然后慢慢进化，站立起来，还有食物发生变化，原始社会吃生的、粗糙的东西，慢慢进化为吃熟食，食物越来越精细，咀嚼功能逐渐减弱，口颌的器官也逐渐退化。在口颌器官中，颌骨的退化比牙齿快，牙齿相对于骨头就显得大了，不能很整齐的排列在颌骨里面，出现牙齿拥挤错颌。双亲遗传方面是父母亲的脸型和牙齿的排列，都可能遗传给子女；

2、获得性的因素：胎儿时期，母亲患一些疾病，如发高烧、接受放射量过大或外伤等，都可导致胎儿先天性牙颌面畸形。有表现为唇腭裂，还有牙齿的畸形。部分患者儿童时期发生佝偻病、慢性鼻炎、扁桃体炎等疾病都可能影响牙颌面的发育，引起牙颌畸形。儿童的食物很细软，咀嚼器官得不到足够的刺激，人工哺乳时奶瓶的位置和喂养姿势不正确也可能受影响。一些不良习惯，如喜欢吐舌头、咬笔、咬被子等也可引起牙颌畸形。此外换牙时不顺利、有乳牙滞留、牙齿龋坏严重或先天性缺失牙等都可能引起错颌畸形。

与遗传因素有关的牙颌畸形约占30%，这种矫治有一定的困难，后天因素引起的畸形可以防治。