牙齿矫正有副作用，但副作用可能因人而异。有些情况下，矫正医生也不是特别了解其发生机制，具体如下：

1、牙根会变短，因为正畸时在牙齿移动的过程中，有些破骨细胞要把牙槽骨杀伤，可能在杀伤牙槽骨时，并不知道杀伤的是牙槽骨或者是牙根。如果矫治力量大或者患者是易感体质，可能有些患者在矫正后牙根会变短，牙齿可能就不是特别牢固；

2、在矫正过程中，很多青少年患者，特别是孩子，本身的卫生习惯不太好，刷牙时间太短、不认真，在牙齿上残留很多的食物残渣。当食物残渣发酵后，产酸，对牙齿产生龋坏作用，特别在牙齿表面，很多时候矫正结束以后发现牙体表面已经变黄，有的会出现坑，是矫治中间最不希望发生的副作用。所以需要患者或者家长认真督促刷牙，做好口腔卫生，有些还需要口腔医生帮助；

3、牙龈发炎，因为矫治器不好清洁，如果仅仅是牙龈发炎，矫正结束以后，去除矫正的装置，洁牙以后炎症就会逐渐痊愈，而且比牙周病的痊愈好很多，矫正以后牙周一般不会有过多损伤。