肾内的结石如为肾盂、肾盏结石时，需要做碎石治疗。若肾内的结石位于憩室，憩室结石常在肾实质内，则不需要做碎石治疗，对肾脏没有明显影响，因此出现肾脏憩室结石或肾实质内结石时，可以观察不需要处理。
肾盂、肾盏结石常位于肾盂、肾盏内，刺激肾盏黏膜会导致局部梗阻，出现局部隐痛或胀痛症状。当结石进入肾和输尿管连接部时，会刺激输尿管上段引起输尿管痉挛性疼痛，病人会出现剧烈的肾绞痛症状。出现肾盏结石或肾盂结石时，常需要做体外冲击波碎石治疗，或经输尿管软镜钬激光碎石术，将结石打碎通过套石篮取出体外。如肾内结石较大，为鹿角形结石，直径＞2cm以上，需要做经皮肾镜碎石术，通过经皮肾镜碎石术可以将结石打碎，再通过肾穿刺造瘘管道将结石取出。
