肾囊肿只是肾实质的囊性改变，若肾囊肿足够小，并不会产生相应的症状，大多数属于随访观察。大概每半年到一年进行B超、CT、核磁共振等相关检查，明确囊肿大小变化趋势，定期复查即可。
若肾囊肿足够大，尤其肾外型囊肿＞5cm，会产生腰部胀痛，此时在患者身体能够耐受的情况下推荐干预。但并不是以往经常做的抽吸囊肿，包括注射硬化剂，因为这些容易感染，而且局部复发率相对较高，因此推荐进行肾囊肿的开窗减压手术。
若囊肿位于肾盂旁则需额外干预，其处理指征可能更积极，因为该类囊肿更容易产生压迫，包括肾盂血管的压迫症状，将来肾功能也会有影响，因此建议更积极的治疗，大概3cm时就可干预。如果一旦出现肾囊肿囊内的钙化，出现分隔，就需额外注意。早期可通过增强CT检查，明确有无恶性变的可能，若出现恶性病变，还需尽早积极干预。
