任何一个实验在诊断肿瘤的时候都是一种辅助的实验，所以肿瘤标志物也不是100%的能够诊断肿瘤，也存在很多的不足之，具体如下：

1、肿瘤标志物的灵敏度并不是固定的，这个灵敏度取决于肿瘤的类型、组织结构、组织学分级、肿瘤分化、肿瘤分期等；

2、大部分的肿瘤标志物并非恶性肿瘤所特有的，所以并不是说肿瘤标志物增高就一定是恶性肿瘤。非恶性肿瘤细胞也可以分泌肿瘤标志物，特定的组织和器官的正常细胞也有可能合成肿瘤标志物，非肿瘤性的病变，或者治疗的副作用，可以导致分泌肿瘤标志物的组织的损伤，从而使结果可以呈现假阳性，并在没有恶性肿瘤的情况下肿瘤标志物的水平升高，比如有些肿瘤标志物在治疗过程当中可以升高，但是这种标志物的升高是没有肿瘤的，所以会给临床造成一定的假象，造成患者紧张，这种情况是存在的；

3、在肿瘤患者的长期的监测当中，患者如果要更换就医、就诊的医院或者临床实验室，因为检测试剂和方法学的不同，同一个肿瘤标志物其结果就可能出现差异，为此同一例患者在治疗前后或者在随访过程当中，应该尽可能的采用同一种方法和试剂，在患者监测当中如果要更改肿瘤标志物的检测的方法和试剂，应该重新设定患者的基准水平或者基线水平。所以有的患者为了肿瘤标志物的检测跑不同的医院做，然后把几个结果拿来比对，这种方法是不可取的，肿瘤标志物要检测最好在同一家医院、同一个仪器、同一个试剂的情况下做，这种方法学是比较可靠的。不能够在几家医院测了以后拿来做比对，这种是不对的。