胚胎在冷冻过程中，需从正常生理温度降至超低温，解冻过程中又需从超低温恢复至生理温度，此种大幅度的温度变化或波动，可能会影响胚胎存活及生物活性，甚至导致细胞死亡，称为冷冻损伤。胚胎质量变差主要与两个方面有关：

1、胚胎本身的质量：在同等条件下，优质胚胎复苏率高于非优质胚胎，胚胎质量的好坏取决于几个方面，如患者夫妇自身条件、培养体系、胚胎培养环境等，但较关键的因素是患者自身的条件，只有获得高质量的卵子和精子，才可获得高质量的胚胎。若无高质量的卵子和精子，无论用怎样完善的培养体系或环境，均无法改善，使它们成为优秀的胚胎，如年龄较大，身体素质差或有全身性疾病的患者，卵子本身质量较差，或男方精子活动力及形态较差，形成的胚胎有可能发育速度迟缓或等级较低，这些胚胎更易在冷冻解冻过程中受到损伤，解冻后胚胎中可能有部分细胞会出现死亡，有时所有的细胞都会死亡，即解冻复苏完全失败的情况；

2、与冷冻解冻过程中胚胎受到的损伤有关：目前普遍采用玻璃化冷冻技术，将胚胎存活率提高至95%以上，绝大部分胚胎不会因此过程质量变差，但仍然有个别胚胎由于质量差，或本身对冷冻解冻过程中的温度剧烈变化较敏感，或受到冷冻解冻试剂的影响等，也会出现胚胎变差甚至死亡的情况，若某患者胚胎数量较少，或质量不佳，解冻后复苏失败，会出现无胚胎可用的情况，或解冻后，虽然胚胎存活，但评级较低，妊娠率可能会较差，不适合移植，此时建议取消此次胚胎移植，以减轻患者心理负担，也减少费用。