慢性化脓性骨髓炎是急性化脓性骨髓炎的延续，全身症状大多已经消失，只有在局部引流不畅的时候，才会有全身症状再次出现。症状局限于局部，顽固难治，甚至数年或者数十年还不能够痊愈。对于大多数的病人，如果通过妥善的、正确的治疗，短期内可以控制全身症状。但是，局部病灶的处理、愈合的时间会比较长。慢性骨髓炎，只要配合医生的正确治疗，大部分患者还是可以治愈。慢性骨髓炎的治疗，除了病灶的清除，最关键、最困难的是死骨以及窦道的处理。如果患者不愿意截肢，必须要经过仔细的清除，通过长期的调养，才能促进周边缺损骨质的再生和软组织的再生，从而达到比较好的治疗效果。
