卵巢巧克力囊肿本身是一种激素依赖性的疾病，随着体内月经周期的改变，卵巢内激素的调节受到各种因素刺激，囊壁及囊内的出血情况反复出现，故而一般不会自动消失。但是如果使用一些激素抑制药物，或者在一些特殊时期，如绝经期、妊娠期，囊肿可能因为失去激素的刺激，使病灶缩小。通常而言，卵巢巧克力囊肿一般可以考虑药物和手术治疗两种方式。对于药物治疗而言，通常其适应症是对于卵巢囊肿比较小，没有生育要求，且症状不明显的患者所进行的。而对于有生育要求的女性，如果年轻、功能好的情况下，囊肿的体积较大时，一般主张手术治疗后积极妊娠。
