间质瘤对放化疗均不敏感，目前临床治疗结肠间质瘤仍以外科手术为首选的治疗方式，尤其原发性肿瘤更需要外科切除。外科的首次治疗非常的重要，完整的切除肿瘤可以大大的提高患者的生存率。有研究显示，结肠间质瘤达到完整切除的患者，五年生存率可以达到54%，而复发的患者即使经过多次的手术切除，五年生存率也仅为10%。因此临床医生应该尽力追求首次治疗的成功。手术当中应该根据肿瘤的大小、性质、部位、年龄以及全身的状况来综合考虑，再确定手术的切缘及切除的范围，对于<1cm的结肠间质瘤，其生物学行为接近于良性肿瘤，可以考虑局部切除。而其它肿瘤均有潜在恶性的可能，因此要综合判别具体情况，而选择局部切除、楔形切除或者根治性切除的手术方式。对于初始治疗的患者，局部肿瘤考虑直接手术有可能没有办法完整切除的患者，也可以先进行靶向药物治疗，再争取手术的机会。
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