第一，囊胚培养最大的风险就是培养失败，胚胎培养要求的条件高，由于实验室培养条件或者是胚胎自身的原因，胚胎可能会停止发育或者是退化，而导致没有胚胎可以移植，目前囊胚培养技术已经十分成熟，囊胚形成率可高达65%，即使最优秀的胚胎学家也无法准确的预测囊胚的形成，所以没有囊胚形成，使得无胚胎移植的情况也时有发生。第二，就是体内的环境比体外好，囊胚培养需要在体外多培养2-3天，目前体外培养的环境通常是在模拟体内的情况，理论上胚胎较理想的发育环境应该是在母体的子宫，体外条件的未知因素是否会对胚胎产生不利的作用，是否会改变表观遗传学的功能，是否会产生成人的疾病，当然这些观点还存在争议，研究还在继续，需要时间回答这个问题。第三，单卵双胎的概率会增加，单囊胚移植后可以明显的降低多胎率，但是单卵双胎的发生率比卵裂期胚胎略微增加，这是我们需要关注和研究的一个问题。
