肠镜和肛门镜均为肛肠科常见的检查方式，常见区别如下：

1、肠镜：是全结肠的检查方法，是长度在1.3-1.6m的窥镜，从肛门进入后循着肠腔逐渐回到盲部，即整个直肠、结肠，通过肠镜检查都可以观察到。通过肠镜检查需要排除肠道的器质性改变，比如肿瘤、息肉，或者炎症性疾病以及积食等疾病；

2、肛门镜：是比较简易的肛肠科检查手段，随时都可以做。通过肛门镜检查，可以看到直肠中下段到肛门位置上的直肠和肛管情况，可以观察到直肠下段是否是有占位性改变、炎症性改变，是否有异物，以及结构性改变。肛门口位置是否存在肛裂、痔疮、息肉，肛乳头是否存在肥大、炎症、感染。外观能观察到的表现通过肛门镜都能观察到，即肛门镜检查比较简单、方便，不需要做特殊肠道准备，随时可以进行检查。

对于肛肠科每个首诊的肛肠病人都需要进行肛门镜检查，而怀疑存在肠道病变的病人需要进行肠镜检查。现在肠镜的适应症范围已经较宽，如果有不能明确诊断的肠道问题，可以进行肠镜检查以排除恶性疾病。