因生理结构和解剖结构的不同，男女性非淋的临床表现不同。男性非淋患者常表现为小便时疼痛，小便的次数增加，尿道有刺痒，或感觉不舒服；尿道分泌物增多，呈现为浆液性或浆液脓性，甚至带有血性；有时还可感觉到阴茎有局部疼痛，部分患者可引起附睾炎、睾丸炎，阴囊上出现肿胀、发红，有触痛。女性患者常表现为尿道分泌物的增多，呈浆液性或浆液脓性，可以伴有尿痛，小便次数的增加，白带增多，颜色发黄或带有血性，甚至伴有异味；部分女性在非月经期或性交后引起出血，检查时宫颈口有较多的脓性分泌物，宫颈有充血、水肿、脆性的增加，触碰易出血。
