肛周脓肿手术的成败主要是会不会复发，主要是内口的处理。如果能很准确地找到内口，并且处理以后，病灶部位肯定不会再复发。但是这个内口的寻找较困难，可以通过仪器设备，但是很多医院也不具备，主要还是靠医生的临床经验。绝大多数肛周脓肿的病人都没有很清晰的内口，很多内口是临床医生切开脓腔以后，找到肠壁和脓腔最薄弱的部位，人为的提前将它处理掉，所以肛周脓肿内口的处理与医生的手术经验有很大的关系。肛周脓肿的复发主要指后期会形成瘘管，瘘管形成以后，内口比肛瘘的初期要清晰很多，反而更利于寻找内口，但是病人存在一个二次手术。部分外科杂志建议肛周脓肿先做切排，待三个月后形成肛瘘，行肛瘘手术即可。但一般肛肠专科医院接触病例较多，一般就采取一次性根治，没有分期手术。
