最常见的肛周脓肿手术称之为切开引流术，就相当于人体出现一个疖子，将之划破后，将脓放出一样。但是肛周脓肿的位置与人体其它部位不一样，肛周脓肿的形成主要因肛窦炎感染，因此进行手术时，不但要把脓腔切开，同时一定要把脓腔刮干净，然后通过引流让创口慢慢愈合，此为肛周脓肿最常见的手术。目前而言，肛周脓肿与肛瘘有直接关系，那么一次性把肛周脓肿与肛瘘的内口全部找到，做一次性的根治术，会防止病人术后需要进行二次手术，因为经切开引流术治疗，30%的患者可以治愈，70%的患者有可能会形成肛瘘，可能需要二次手术治疗。因肛周手术的切口是感染性切口，所以术后需通过外用药物治疗、抗炎，然后通过外用药物清洗，以减轻感染区域。冲洗之后，要求病人控制饮食，忌食辛辣食物，防止出现便秘。患者每次大便后应坐浴清洗，以促进伤口愈合。
