哺乳期尿路感染抗生素的选择非常关键，不仅要选择能有效治疗泌尿系感染的药物，还应注意避免能够提供乳汁代谢的药物，以免对婴幼儿发育造成影响。通常选择头孢三代，比如头孢地尼、头孢克肟等，因为头孢三代能有效的覆盖到泌尿系感染的大部分细菌，包括大肠埃希菌等。

另外，局部要注意清洗，可以用1:5000的高锰酸钾溶液或者稀释过的康复新液进行外用，保持尿道外口的清洁。总之，要避免选用对婴儿造成影响的药物，如喹诺酮类药物、磺氨苄类药物等。