艾滋病难以治疗的原因主要取决于艾滋病的特点，它会与人的细胞、人的DNA整合在一起。当艾滋病病毒进入人体以后，部分病毒与人的DNA整合到一起，叫艾滋病前病毒，这种病毒属于休眠状态，但是它会随着人的细胞复制，病毒DNA也会复制，其中一部分病毒DNA会重新转入为RNA，重新组装、复制成为新的病毒，对人体造成破坏。

艾滋病病毒对人体的破坏都是通过侵入CD4+T淋巴细胞，破坏CD4+T淋巴细胞，导致CD4细胞减少、功能下降，免疫系统出现缺陷，出现各种机会性感染、机会性肿瘤。如果不进行治疗，患者可能很快就会死于机会性感染、机会性肿瘤。通过抗病毒治疗，可以抑制艾滋病病毒复制，让病毒载量越来越低，甚至检测不到，对人的影响、破坏停止。

通过有效的抗病毒治疗，可以使感染者的存活时间与普通人差不多，或者至少5-10年。随着抗病毒治疗药物水平的提高，以后艾滋病对人的寿命可能几乎没有影响，但是以目前抗病毒治疗药物的作用水平，其无法作用到DNA成分所以即使检测不到RNA。

可能体内仍然有DNA，一旦停止抗病毒治疗，DNA可能就会重新复制，产生RNA，导致艾滋病复发，所以目前的抗病毒治疗要求是终身抗病毒治疗，不可以轻易停药。